Diagnostic Report Analysis: General Optimization of NLP Banner

Challenge website is under construction.

Sample reports¶

This page shows sample reports for the DRAGON benchmark. The sample reports are based on real cases from the DRAGON development data, which were manually anonymized and adapted to preserve patient privacy. If the report appears diagnostically implausible, this is likely a result of the anonymization procedure. Please let me know if you spot this: Joeran.Bosma@radboudumc.nl.

T2 Pulmonary nodule presence¶

Label: True

Notes: A pulmonary nodule is described in this report ("Meerdere aspecifieke longnoduli, vooral in de rechter onderkwab.").

Anonymous sample report:

T3 Kidney abnormality identification¶

Label: True

Notes: a kidney abnormality is described, in this case both kidneys were removed ("status na bilaterale nefrectomie").

Anonymous sample report:

##############################
DISCLAIMER:
THIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.
ANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.
##############################
klinische gegevens: status na bilaterale nefrectomie. gemetastaseerd medullair schildkliercarcinoom. evaluatie van progressie?
verslag:
ct-thorax en abdomen: protocollair gescand met 85 ml iomeron 300. vergelijking met onderzoek van 3 mei is mogelijk.
geen adenopathie in de axillaire regio; geen veranderingen. er is een bekende sterk vergrote schildklierkwab aan de rechterzijde met doorgroei in het mediastinum. dit veroorzaakt een deviatie van de trachea naar links en compressie van de trachea. de maximale afmeting van de schildklierkwab is momenteel 43 mm, voorheen was dit 35 mm. geen toename van pericardvocht of pleuravocht. mediastinaal zijn er bekende vergrote klieren aanwezig. hilair geen duidelijke adenopathie. op de longvensters zijn enkele longnoduli zichtbaar, consistent met voorgaande onderzoeken en zonder toename in grootte; de grootste heeft een diameter van ongeveer 6 mm.
er zijn bekende hypervasculaire lesies in de lever, die in grootte zijn toegenomen. sommige van deze lesies tonen meer necrose. normale bevindingen van de milt, pancreas en galblaas. geen duidelijke adenopathie para-aorta, iliacaal en inguinaal. geen evidente afwijkingen aan het darmkanaal.
op de botvensters zijn geen focale skeletlesies waargenomen.
impressie:
progressie van de lesies.

T13 Histopathology tissue origin¶

Label: lung

Notes: the tissue originates from the lungs ("Aard materiaal : long").

Anonymous sample report:

##############################
DISCLAIMER:
THIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.
ANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.
##############################
SAMENVATTING: Patholoog: Luigi Cascarino Datum ontvangst: 3 juli Datum antwoord : 4 juli Aard materiaal : long Klinische gegevens: Klinische gegevens Klinische gegevens:-; Indicatie aanvraag: progressieve verdichting LOK dorsaal tegen pleura aan. 2009-2010 urotheelcelcarcinoom operatie; Opmerking van radioloog: opmerkingen radioloog: meta? prim. RIP? Infiltraat? Anderszins? Slechts 1 biopt, hierna pneu.svp pat. op tijd ivm bespreking om 12:45. Armond; Datum onderzoek: 2 juli; Tijd onderzoek: : Inzending I materiaal: Long; locatie: rechts; verkrijgingswijze: biopt; zijdigheid: Rechts; formaline: Ja; Ter informatie: dit verslag is elektronisch aangemaakt middels een spraakherkenningsysteem en elektronisch geautoriseerd. CONCLUSIE: Biopt rechter onderkwab dorsaal tegen pleura: lokalisatie van ongedifferentieerd carcinoom. Immuunhistochemie volgt voor verdere subtypering. 5 juli. IHC beeld past niet bij een primair longadenocarcinoom (TTF1-) of plaveiselcelcarcinoom; het beeld kan passen bij bepaalde subtypes urotheelcelcarcinomen, maar het beeld komt niet helemaal overeen met de uretertumor uit 2010. p53/CDKN2A mutatie-analyse staat in voor onderzoek op verwantschap (primair-meta). 5 juli. De tumoren in T12-09539 (long) en Toorspronkelijk10-17282 (ureter) hebben een verschillende mutatiepatroon in TP53 en NRAS. Beide tumoren zijn derhalve naar alle waarschijnlijkheid afkomstig van verschillende primaire tumoren. AANVULLING 7 juli (I.V.): door behandelend arts werd TSO500 analyse aangevraagd voor identificatie van additionele driver mutaties/amplificaties. Echter, gezien de aanwezigheid van de NRAS driver mutatie is de verwachting van de Klinisch Moleculair Bioloog in Pathologie (KMBP) dat er geen additionele therapie targets aangetoond zullen worden. Deze analyse wordt daarom niet uitgevoerd. AANVULLING 8 juli (Armond) PD-L1 immunohistochemisch positief (>1%, \<50%). MACROSCOPIE: 9 juli. Op formaline: een grijs beige naaldbiopt met lengte van 17 mm. T.i. 1b. Peter. MICROSCOPIE: 10 juli. Naaldbiopt met een solide aspect, vrijwel geheel ingenomen door tumor. Aan randen nog wat alveolair weefsel. Uitgebreide desmoplastische stromareactie waarin individueel en in groepen gelegen zeer sterk atypische cellen met grote hyperchrome kernen, polymorfie soms wat spoelvormig cellaag, soms meer klierbuizen of carcinoom veld vormend en gelijkend op een UC. Necrose. In vergelijking met T 10-17282, tumor ureter, is de polymorfie sterker, hoewel ook in deze primaire tumor plaatselijk forse atypie wordt gezien. Immuunhistochemie volgt. 9 juli. De tumorcellen zijn positief voor ck5,6,14,7 en p53, negatief voor ck20,p63,GATA3, calretinin en d2-40, en TTF1. Hoewel deels overeenkomend is dit patroon ook deels anders dan de uretertumor (T10-17282); Ck5,6,7, en Ck20 en GATA 3 en p63+. Ook hier p53+. p16 (CDKN2A)+, E-cadherin + Negatief : ER, PR, CA19-9. WT1, pax8, pCEA. (Tr. genitalis niet waarschijnlijk) p53 en CDKN2A mutatie-analyse staat in op onderzoek primair, metastase. 10 juli Laboratorium Tumorgenetica onderzoek T11-185147: Bepaling clonale verwantschap met TP53 mutatie-analyse. RESULTAAT EN MOLECULAIRE INTERPRETATIE Analyses zijn uitgevoerd op DNA geisoleerd uit paraffine weefsel: T 11-627548 I1, long met 70% neoplastische cellen (gecontroleerd door EBus): DPA11-02376 T11-857908 I5, ureter met 70% neoplastische cellen (gecontroleerd door EBus): DPA11-02376 Single molecule Molecular Inversion Probe (smMIP) gebaseerde sequentie-analyse van het 'Radboud Cancer Hotspot genenpanel' (versie 1.0) en het 'TP53/CDKN2A genenpanel' (versie 1.0) op een NextSeq 500, waarbij mutaties met een analytische sensitiviteit van 1% kunnen worden aangetoond. Voor dit monster geldt dat de kans gemiddeld kleiner is dan 5% dat mutaties met een allelfrequentie >20% zijn gemist voor de onderstaande genen. EGFR (NM_005228.3) codon 465-499, 688-823, 849-875: geen mutatie KRAS (NM_004985.4) codon 12, 13, 59, 61, 117 en 146: mutatie c.34_35delinsTT (p.(Gly12Phe)); 15% mutant allel TP53 (NM_000546.5) >91% van het coderende gebied: mutatie c.818G>A (p.(Arg273His)); 35% mutant allel. CONCLUSIE De tumoren in T12-09539 (long) en T10-17282 (ureter) hebben een verschillende mutatiepatroon in TP53 en NRAS. Beide tumoren zijn derhalve naar alle waarschijnlijkheid afkomstig van verschillende primaire tumoren. TOELICHTING Met het 'Radboud Cancer Hotspot genenpanel' (versie 1.0) worden de volgende gebieden geanalyseerd: AKT1 (NM_005163.2): codon 17, BRAF (NM_004333.4): codon 582-615, CTNNB1 (NM_001904.3): codon 19-48, CXCR4 (NM_001008540.1): codon 281-357, EGFR (NM_005228.3): codon 434-499, 688-823, 849-875, ERBB2 (NM_004448.3): codon 770-785, EZH2 (NM_004456.4): codon 471-502, 618-645, 679-704, GNA11 (NM_002067.4): codon 183 en 209, GNAQ (NM_002072.3): codon 183 en 209, GNAS (NM_000516.4): codon 201 en 227, H3F3A (NM_002107.4): codon 28 en 35, H3F3B (NM_005324.4): codon 37, HRAS (NM_005343.2): codon 12, 13, 59 en 61, IDH1 (NM_005896.3): codon 132, IDH2 (NM_002168.3): codon 140 en 172, JAK2 (NM_004972.3): codon 617, KIT (NM_000222.2): codon 412-513, 550-591, 628-713, 799-828, KRAS (NM_004985.4): codon 12, 13, 59, 61, 117 en 146, MPL (NM_005373.2): codon 515, MYD88 (NM_002468.4): codon 169-280, NRAS (NM_002524.4): codon 12, 13, 59, 61, 117 en 146, PDGFRA (NM_006206.4): codon 552-596, 632-667, 814-848, PIK3CA (NM_006218.2): codon 520-554, 1020-1069, SF3B1 (NM_012433.2): codon 603-471, 833-906 en de markers BAT25, BAT26, NR21, NR24 en NR27 ten behoeve van microsatelliet instabiliteit (MSI) bepaling. Voor deze indicatie worden de relevante bevindingen in EGFR en KRAS gerapporteerd, aangevuld met gedetecteerde mutaties die voor andere vraagstellingen klinisch relevant zijn. Geautoriseerd door LGod 12 juli AANVULLLING (EBus): PD-L1 (E1L3N, Cell Signalling) toont immunohistochemisch membraneuze,pleksgewijze aankleuring in ca 30% van de tumorcellen.

T18 Hip Kellgren-Lawrence scoring¶

Label left: 4

Label right: p (prosthesis)

Anonymous sample report:

##############################
DISCLAIMER:
THIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.
ANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.
##############################
Medische gegevens: Krijgt steeds meer pijnklachten in
de li heup, bij lopen meer pijn, uitstralend naar de lies; zeurende
continue pijn li zijkant; kan er wel op ligggen. Bekend met poly-artrose.
X-bekken, en axiale opnamen beiderzijds.
Vergeleken wordt met foto van 9.11.2021.
Er zijn sclerotische veranderingen zichtbaar, samen met vernauwing van de gewrichtsspleet en de vorming van osteofyten in het linker acetabulum. Daarnaast is er cystevorming in de kop van het linker femur. De rechterheup heeft een eerder geplaatste gecementeerde totale heupprothese, waarvan de positie ongewijzigd is en er geen tekenen van loslating zijn. De overige botstructuren vertonen een normale contour en botdichtheid. In het rechter bovenbeen zijn twee verkalkingen aanwezig. In het kleine bekken bevinden zich flebolieten.
Conclusie: Uitgesproken coxartrose linker heup. Status quo ante heupprothese rechts.

T10 Prostate radiology suspicious lesions, T19 Prostate volume extraction, T20 Prostate specific antigen extraction, T21 Prostate specific antigen density extraction¶

T10 label: 1

T19 label prostate volume: 68

T20 label PSA: 9.7

T21 label PSA density: 0.14

Notes: The report describes a single PI-RADS 4 lesion, a prostate volume of 68 cm³ ("De prostaat heeft een volume van 68 cc"), a PSA level of 9.7 ng/ml ("PSA: 9,7"), and a PSA density of 0.14 ng/ml² ("PSA densiteit: 0,14").

Anonymous sample report:

##############################
DISCLAIMER:
THIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.
ANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.
##############################
Klinische gegevens:
PSA: 9,7; geen eerdere TRUS biopt(en); klinisch stadium: T 0 .
Verslag:
Er werd gescand met het detectie-protocol: locale prostaat T2WI (drie
richtingen), DWI en DCE (Gadovist i.v.).
Bevindingen:
Index laesie mark1:
Plaats: rechts apicaal ventraal
Laesie grootte: 13 x 9 x 7mm.
T2W/DWI/DCE score: 4/4/-.
Minimale ADC waarde: 634 (normaal groter dan 950).
Risico categorie: Intermediate/high-grade Cancer (PIRADS v2 categorie: 4).
Onzekere extra-prostatische uitbreiding.
Impressie:
De prostaat heeft een volume van 68 cc. PSA densiteit: 0,14.
Afwijking passend bij significant carcinoom rechts ventraal
apicaal (PIRADS 4). Onzekere extra-prostatische uitbreiding.

T2 Pulmonary nodule presence, T7 Pulmonary nodule size presence, T8 Pancreatic ductal adenocarcinoma size presence, T9 Pancreatic ductal adenocarcinoma diagnosis, T16 RECIST lesion size presence, T22 Pancreatic ductal adenocarcinoma size measurement, T24 RECIST lesion size measurement¶

T2 label: False (no pulmonary nodule is present)

T7 label: False (no pulmonary nodule size measurement is present)

T8 label: True (a pancreas lesion size measurement is present)

T9 label: PDAC

T16 label: True, True, False, False, False

T17 label: hypo, body

T22 label: 43 (the pancreas lesion size is 43 mm)

T24 label: 43, 32, N/A, N/A, N/A

Notes: the report describes a pancreas lesion of 43 mm ("Hypovasculaire tumor in pancreascorpus (43 mm)") with hypo attenuation located in the pancreas body, and a lesion in the liver of 32 mm ("Waarschijnlijk metastase in leversegment 7 (32 mm)"). In this report, no pulmonary nodule is described.

Anonymous sample report:

##############################
DISCLAIMER:
THIS REPORT HAS BEEN ANONYMIZED BY REPLACING PATIENT HEALTH INFORMATION WITH RANDOM SURROGATES.
ANY RESEMBLANCE TO REAL PERSONS, LIVING OR DEAD, IS PURELY COINCIDENTAL.
##############################
Gerichte vraagstelling: metastase?
Verslag:
Herbeoordeling CT d.d. 20 maart 2006. Hypovasculaire tumor in pancreascorpus
en staart (43 mm) met occlusie vena lienalis; mesenteriale en
perigastrische collateralen; vervorming portomesenterisch confluens met
doorgroei langs VMS; volledige encasement truncus coeliacus en a. lienalis
met irregulaire contour; partiele encasement art. Hepatica communis;
doorgroei richting aorticorenale plexus rechts. Enkele kleine lymfklieren
craniaal van de truncus coeliacus (6 mm) Normale grootte van de lever, met
meerdere cysten. Hypodense lesie in leversegment 5 (32 mm, 204-236).
Degeneratief skelet. Dikke galwegen. Normaal aspect galblaas. Normaal
aspect bijnieren. Normale aankleuring en grootte van de nieren met
meerdere corticale cysten. Arteriosclerose grote retroperitoneale vaten.
Normaal aspect urineblaas. Normale grootte prostaat en zaadblazen.
Verkalkingen in vas deferens rechts. Diverticulosis colon sigmoideum.
Volumeverlies linker onderkwab. Geen pleuravocht en/of pericardvocht.
Conclusie.
Hypovasculaire tumor in pancreascorpus (43 mm) met doorgroei in
de mesenteriale wortel en encasement truncus coeliacus, a. hepatica
communis en art. Lienalis; doorgroei richting aorticorenale plexus rechts.
Waarschijnlijk metastase in leversegment 7 (32 mm).